しかし、悲観する必要はありません。開業医だからこそ活用できる、合法的かつ効果的な節税策は数多く存在します。重要なのは、それらの制度を正しく理解し、日々の経理業務から将来の事業計画に至るまで、戦略的に実践していくことです。

この記事では、多忙な開業医の先生方のために、まず取り組むべき基本的な節税対策から、より高度な法人化の検討まで、厳選した7つの節税テクニックを解説します。また、税務調査で指摘を受けやすいポイントについても触れていきますので、ぜひご自身のクリニックの資産防衛にお役立てください。

1.開業医が実践すべき7つの節税対策

①経費計上の基本：漏れなく、正確に

節税の第一歩は、事業にかかった経費を漏れなく、かつ正確に計上することです。当たり前のことのように聞こえますが、日々の診療に追われる中で、計上できるはずの経費が見過ごされているケースは少なくありません。まずは、どのような費用が経費になるのかを改めて確認しましょう。

【図表】開業医の主な経費項目

特に、スタッフを雇用している場合、給与だけでなく、忘年会や慰安旅行といった福利厚生費も経費として認められます。ただし、家族経営の場合や、特定の従業員だけを対象とする場合は認められない可能性が高いため注意が必要です。これらの経費を一つひとつ丁寧に積み上げていくだけでも、課税所得を大きく圧縮することが可能です。

②青色申告の活用：最大限の恩恵を受ける

もし、まだ白色申告を行っている先生がいらっしゃれば、すぐにでも「青色申告」への切り替えを検討してください。青色申告には、白色申告にはない、数多くの税制上のメリットがあります。

• 青色申告特別控除:正規の簿記の原則に従って記帳し、電子申告（e-Tax）を行うことで、所得金額から最大65万円を無条件で控除できます。
• 赤字の繰越し（純損失の繰越控除）:事業で赤字（純損失）が出た場合に、その赤字を翌年以降3年間にわたって繰り越し、将来の黒字と相殺することができます。高額な医療機器の導入などで開業当初に大きな赤字が出やすいクリニックにとって、この制度は非常に重要です。
• 少額減価償却資産の特例:通常、10万円以上の資産は耐用年数に応じて減価償却を行いますが、青色申告者であれば、取得価額が30万円未満の減価償却資産について、年間合計300万円を上限に、その全額を取得した年に一括で経費計上できます。PCや事務機器、エアコンなどの購入時に活用できます。
• 家族への給与（専従者給与）の経費化:生計を同一にする配偶者や親族に支払う給与を、一定の要件のもとで全額必要経費にすることができます。これにより、世帯内で所得を分散し、高い累進税率が適用される院長個人の所得を抑え、世帯全体での税負担を軽減することが可能です。

③共済・年金制度の活用：節税と将来への備えを両立

節税しながら、将来の退職金や事業のリスクに備えることができる、国が用意した制度の活用も不可欠です。

• 小規模企業共済:経営者のための退職金制度です。毎月の掛金（最大7万円）が全額所得控除の対象となり、高い節税効果があります。
• 経営セーフティ共済（倒産防止共済）:取引先の倒産などに備える制度です。毎月の掛金（最大20万円）が全額必要経費となり、節税しながら、いざという時のための資金を準備できます。
• iDeCo（個人型確定拠出年金）:私的年金制度で、こちらも掛金が全額所得控除の対象となります。

これらの制度は、所得控除や経費計上によって当面の税負担を軽減しつつ、その資金を将来のために積み立てておける、非常に効率の良い資産防衛策です。

④医療設備投資の税制優遇を活用する

クリニック経営において、医療機器への投資は避けて通れません。この設備投資の負担を軽減するため、開業医が活用できる特別な税制優遇措置が設けられています。

例えば、「医療提供体制の確保に資する設備の特別償却制度」では、医療従事者の労働時間短縮に繋がる30万円以上の機器やソフトウェアを導入した場合、通常の減価償却費に加えて、取得価額の15%を特別償却として上乗せで経費計上できます。また、500万円以上の特定の高度な医療機器を導入した場合は、12%の特別償却が認められます。

これにより、設備投資を行った初年度の経費を大幅に増やし、利益を圧縮することが可能です。その他にも「中小企業経営強化税制」など、活用できる制度は複数存在します。高額な設備投資を計画する際は、どの税制優遇が適用できるかを事前に確認することが重要です。

⑤概算経費の特例：社会保険診療の特例を活用する

これは、医師に認められた特殊な経費計算の特例です。社会保険診療報酬が5,000万円以下、かつ、事業全体の収入金額が7,000万円以下の場合に適用できます。

この特例では、実際にかかった経費の額と、社会保険診療報酬の金額に応じて計算される「概算経フィ」の額を比較し、いずれか多い方の金額を経費として計上することが認められています。例えば、社会保険診療報酬が3,000万円の場合、概算経費は2,150万円となります。もし、実際の経費がこれを下回っていても、2,150万円を経費として申告できるのです。経費が少ない年でも、この特例のおかげで税負担を大きく抑えられる可能性があります。

⑥不要な固定資産の除却・売却

クリニック内で使用しなくなった古い医療機器や備品が、資産台帳に載ったままになっていないでしょうか。これらの不要な固定資産を廃棄処分（除却）することで、その資産の残存簿価（まだ償却されていない価値）の全額を、「除却損」としてその年の経費に計上できます。

また、売却した場合でも、売却価格が残存簿価を下回れば、その差額を「売却損」として経費にできます。特に、まだ減価償却があまり進んでいない資産を処分する際には、大きな損金を生み出すことが可能です。定期的に資産を見直し、不要なものを整理することは、節税と院内環境の改善の両方に繋がります。

⑦法人化の検討：医療法人・MS法人の設立

個人事業主として所得が一定額を超えてくると、法人化を検討することが、さらなる節税への道を開きます。

• 医療法人化:個人の所得税は、所得が増えるほど税率が高くなる累進課税（最高で住民税と合わせて55%）です。一方、法人税の税率は、所得が多くなっても一定（中小法人の実効税率は約25～34%）です。所得が1,500万円～2,000万円を超えてくるあたりから、法人化した方がトータルの税負担は低くなる傾向にあります。また、法人化すれば、院長自身に給与所得控除が適用されたり、退職金を活用できたりと、節税の選択肢がさらに広がります。
• MS法人の設立:MS法人（メディカル・サービス法人）とは、医療行為以外の業務（経理、受付、清掃、不動産管理など）を、クリニックから請け負うために設立する会社です。クリニックからMS法人へ業務委託費を支払うことで、所得を分散し、それぞれの法人で税率を低く抑えることが可能になります。

2.税務調査で狙われやすいポイント

節税対策を熱心に行う上で、常に意識しておかなければならないのが「税務調査」です。特に、開業医は税務調査の対象になりやすい業種の一つと言われています。

調査官が特に注目するのは、自由診療の割合が高いクリニックです。保険診療は、社会保険診療報酬支払基金などを通じてお金の流れがガラス張りになっているため、売上をごまかすことが困難です。一方で、患者から直接現金で報酬を受け取ることが多い自由診療（美容医療、インプラント、先進医療など）は、売上の除外（所得隠し）が行われやすいと見なされがちです。

自由診療の比率が高いクリニックは、税務署から「申告内容が正しいか、特に念入りに確認する必要がある」と判断されやすいのです。日頃から、現金管理を徹底し、会計帳簿を正確につけておくことはもちろん、税務調査が入っても慌てずに済むよう、顧問税理士と緊密に連携できる体制を整えておくことが、何よりの防衛策となります。

まとめ

開業医の節税は、単に経費を増やすことだけではありません。日々の正確な経費計上から始まり、青色申告や各種共済制度の活用、医療機器投資における税制優遇の適用、そして将来的には法人化という大きな選択肢まで、多岐にわたる知識と計画的な実行が求められます。

今回ご紹介した7つのテクニックは、いずれも合法的で、多くの先生方が実践できるものです。まずはご自身のクリニックで、まだ手をつけていない項目がないかを確認してみてください。そして、一つひとつの対策を丁寧に行うことが、クリニックの健全な経営と、先生ご自身の資産を確実に守ることに繋がります。

この記事で解説した内容は、以下の動画で税理士がより詳しく解説しています。具体的な事例やさらに詳しい情報を知りたい場合に、参考にしてください。

しかし、それはどこまで本当でしょうか。

法人を新たに設立し、維持することは、それなりの手間と費用を必要とします。したがって、メリットがあるとしたらどの程度なのか、デメリット・リスクはないのか、どのような場合に向いているのか、ということを、慎重に吟味する必要があります。

幸い、私は、数多くの医療法人のお客様を担当しています。もちろん、MS法人を活用しているケースと活用していないケースの両方があり、いずれも、それぞれの事情を聞いて知っています。

そこで、この記事では、そんな私の知見をもとに、MS法人について従来言われてきたメリット・デメリットを検証してみました。

1.MS法人とは

MS法人とは「メディカルサービス法人」(Medical Service)の略です。主に、医療法人が、医業以外で営利を営む目的で設立するものです。株式会社や合同会社の形をとります。

大きく2つのタイプに分かれます。

1. 医業自体ではないが関連している業務を行う法人
2. 医療法人の財産を管理する資産管理法人

これらは完全に別モノとして考える必要があります。それぞれについて簡単に説明します。

タイプ1｜医業関連業務を行う法人

まず、医業自体ではないが、これと関連している業務を行う法人です。

医業と関連する業務の具体例は以下の通りです。いずれも、ある程度の規模があることが想定されます。

• 分院展開する医療法人で使用する資材の仕入や在庫管理事業
• 保険請求事務、医療事務、経理事務
• 訪問介護事業や訪問看護・訪問歯科事業
• 歯科医院のための歯科技工所や院内ラボの開設
• 医療材料や医療機器の販売
• 医療法人への不動産の賃貸や管理
• 医師の出版物、講演料・コンサル料の管理

タイプ2｜資産管理法人

次に、資産管理を行う法人です。

土地建物を所有し、医療法人に貸すパターンと、積極的な投資、つまり、株式や不動産を保有し、それらの資産を運用して収益を得るパターンがあります。

土地建物を所有して医療法人に貸すパターンは、医業関連業務を行う法人に近いと言えます。

これに対し、積極的な投資を行うパターンは、本業とは全く関係のない事業を行うものと言えます。

2.MS法人の4つのメリット？を本音で検証する

MS法人を設立するとメリットが大きいと言われていますが、実際にはどうなのでしょうか。

予め結論をお伝えすると、実は、メリットを得られるケースは限られていると言わざるを得ません。

以下、メリットと言われてきた点を挙げ、それぞれについて本音で検証します。

メリットと言われているのは、以下の4つです。

1. 節税の効果がある
2. 別事業について医療法の規制を受けずに済む
3. 株式や社債の発行による資金調達が容易になる
4. MS法人で投資を行うことができる

上述の通り、MS法人は「タイプ1｜医療関連業務を行う法人」と「タイプ2｜資産管理法人」に分かれます。

したがって、これらは、両方のタイプにあてはまるものと、片方のタイプにしか当てはまらないものがあります。それを念頭にお読みください。

メリット1｜節税の効果がある⇒△

まず、第一のメリットとして、節税メリットが挙げられます。

MS法人を相手として取引を行うことで、モノやサービスの対価を費用に算入でき、節税の効果があるということが言われます。

これは「タイプ1｜医業関連業務を行う法人」と、「タイプ2｜資産管理法人」のうち土地建物を医療法人に賃貸するパターンに関係するものです。

たとえば、以下のようなことです。

• MS法人から不動産を借りて家賃を払う
• MS法人に不動産管理委託料を支払う
• MS法人の動産を借りてリース料を払う
• MS法人に業務委託料を支払う

つまり、別法人を使い、経費や売上のコントロールを行うということです。

しかし、これは、決定的なメリットとは言い難いです。なぜなら、事業規模が一定程度大きくなければ、事務のコストがかさむだけだからです。

また、医療法人にとっては消費税の負担が増大します。つまり、医療法人がMS法人と取引する形をとる場合はMS法人に消費税を支払わなければなりません。

しかも、たとえば、MS法人が物資を安く仕入れ、医療法人が高く買い取るようなことをすれば、税務否認の対象となります。

以上のことを考えると、医業に関連する事業を行う法人を設立するメリットがあるのは、医療法人単独で事務を遂行することが難しいほど、規模が大きくなった場合だと考えられます。

資産管理規模がさほど大きくない状態でMS法人を設立するのは、手間と費用が余計にかかるだけになるリスクが大きいので、おすすめできません。

あくまでも、MS法人を設立した場合にどの程度の税制のメリットが受けられるかを試算した上でMS法人を設立することが必要です。

メリット2｜別事業について医療法の規制を受けなくて済む⇒△

第二に、MS法人を設立することで、別事業について医療法の規制を受けなくて済むというメリットが言われています。

これは「タイプ1｜医業関連業務を行う法人」と「タイプ2｜資産管理法人」の両方に関係するものです。

しかし、医療法人のままでも、別事業を行えば、医療法の規制を受けないことは明らかです。したがって、これも決定的なメリットとは言い難いです。

メリット3｜株式や社債の発行による資金調達が容易になる⇒✕

第三に、株式や社債の発行による資金調達が容易になるというメリットが挙げられます。

これは「タイプ1｜医業関連業務を行う法人」に関するものです。

しかし、これは、メリットとは言い難いものです。

なぜなら、そもそも資金調達は事業を大きくして収益を上げるためです。MS法人が本来志向する節税とは真逆の方向性です。

本業を拡大したいならば医療法人を大きくするべきです。また、医業関連業務を大きくしたいのであれば、MS法人ではなく、まったくの別事業として行うべきです。

メリット4｜MS法人で投資を行うことができる⇒〇

最後に、MS法人で投資を行うことができるというメリットです。

これは、「タイプ2｜資産管理法人」にとっては、ある程度のメリットがあると言っていいと考えられます。なぜなら、個人事業として株式投資や不動産投資を行っている場合、以下の点で、法人の方が好都合なケースがあるからです。

• 交際費や管理にかかわる経費を計上できる範囲の広さ
• 所得(営業利益)にかかる税金の税率

ただし、不動産の場合、個人の相続税のことを考えると、土地の面積が200㎡以下の宅地は「小規模宅地等の特例」の対象となるので、個人所有の方が良いケースがあります。

3.MS法人の3つのデメリット

以上、お伝えしてきたように、メリットは限られています。

これに対しデメリットは以下の3つがあります。これは、「タイプ1｜医業関連事業を行う法人」と、「タイプ2｜資産管理法人」の両方にあてはまります。

1. 事務処理の手間と費用がかかる
2. 税理士報酬等が倍になる
3. 自社株式・持分の相続の問題が発生する

デメリット1｜事務処理の手間と費用がかかる

第一に、MS法人を設立すると、その業務に関する事務処理の手間と費用がかかることが挙げられます。

MS法人は医療法人本体とは別法人として運営しなければなりません。管理責任者を置き、事務局を整備する必要があります。

また、財務状況を随時把握できるようにしておかなければなりません。

「節税」の目的のためだけに、わざわざこれらの手間と費用をかけるメリットは乏しいと言えます。

その業務を医療法人本体とは別の法人に担当させることで事務の効率化につながるのでなければ、おすすめできません。

デメリット2｜税理士報酬等が倍になることがある

第二に、税理士等の顧問報酬が単純計算で倍になることがあるということです。

別法人を作ると、その法人の会計や納税申告等は別に行うことになるので、税理士報酬等の士業の報酬が余計にかかります。

MS法人は営利法人として見られるので、納税申告の勝手も違い、かつ、節税等の課題も別に発生します。

したがって、医療法人本体の分だけ担当してもらう場合に比べると、税理士報酬であれば倍かかる可能性があります。そこまででなくても、少なくとも追加料金くらいはかかることになります。

デメリット3｜自社株式・持分の相続の問題が発生する

第三に、自社株式・持分の相続の問題が発生することです。これは医療法人にはない問題です。

MS法人は株式会社または合同会社として設立することが多く、株式会社ならば「株式」、合同会社ならば「持分」を代表者が保有することになります。

株式・持分は、ごく簡単に言えば会社の価値を金額で表現するものです。これは保有者の資産になるので、後々、相続税・贈与税の問題が発生します。

MS法人の規模が大きかったり業績が好調だったりすればするほど、自社株式の評価額は大きくなります。

したがって、そこに対する何らかの対策を打たなければならなくなります。

詳しくは「株式の評価方法｜株式の相続税対策に役立つ全知識まとめ」をご覧ください。

まとめ｜MS法人設立のメリットがある2つの場合

以上のことからすると、MS法人を設立するメリットがあるのは以下の2つのパターンに限られます。

第一に、MS法人に担当させる事業が、医療法人と独立して行わせることがふさわしい規模である場合です。この場合は、経費や売上のコントロールを行えるというメリットがあります。

第二に、事業として独立して行える規模の株式投資や不動産投資を、資産管理会社を設立して行わせる場合です。この場合は、個人経営として行うよりも、経費の計上が広く認められるメリットと、適用される税率が低くなるメリットがあります。

いずれにしても、独立した事業としての規模と実質を備えていることが必要です。そうでない限り、単に手間とコストだけがかかるだけに終わる恐れがあります。

MS法人を設立するかどうかは、以上のことを考慮して、費用対効果を計算した上で、信頼できる顧問税理士等の専門家と相談して、決めることをおすすめします。